Mit Spezialinstrumenten ist es auch möglich, therapeutische Interventionen auf endoskopischem Weg durchzuführen, z.B. die Abtragung von Polypen (Gewächsen der Schleimhaut).
Bei flachen oberflächlichen Krebsformen (Frühkarzinomen) kann eine organerhaltende endoskopische Resektion (Entfernung) erfolgreich sein, sofern die Läsion im Gesunden entfernt ist und der Krebs nicht zu tief in die Wand vorgedrungen ist.
Mit Hilfe der Endoskopie können Engstellen aufgedehnt werden (Dilatation, Bougierung) oder mittels selbstausdehnender Rohrprothesen (Stents) durchgängig gehalten werden.
Das Schlucken einer Kamerakapsel ist nur in seltenen Fällen sinnvoll (bei seltenen Dünndarmerkrankungen). Bei Patienten, die nicht mehr schlucken können, kann unter endoskopischer Kontrolle eine Ernährungsmagensonde (PEG-Sonde) durch die Bauchdecke gesetzt werden und so den Betroffenen eine Magenoperation erspart werden.
Im Notfall einer Blutung im Verdauungstrakt stehen mehrere Verfahren zur Verfügung, die in Abstimmung auf die gegebene Situation angewendet werden: Unterspritzung, Setzen von Blutstillungsclips, Gummibandligatur, Stentimplantation, Verschorfung.
Zur Behandlung einer speziellen, refluxbedingten flächenhaften Schleimhautveränderung in der Speiseröhre – der sogenannten Barrett Schleimhaut – hat sich das Verfahren der Radiofrequenzablation etabliert. Die Anwendung ist bei Vorhandensein atypischer Zellen (sogenannter Dysplasien) international akzeptiert, die Sinnhaftigkeit bei nicht-dysplastischer (keine atypischen Zellen) Schleimhaut ist umstritten und nicht generell empfohlen.
Weitere spezielle interventionelle Einsatzgebiete im oberen Verdauungstrakt sind: das Zenkersche Divertikel (Ausstülpung der Schlundhinterwand) und die Achalasie (eine motorische Schluckstörung).